一、胶条的处理
1. 配置10%的丙烯酰胺凝胶两块，从-20℃冰箱中取出的胶条，室温放置10分钟，使其溶解。
2. 配置胶条平衡缓冲液I。
3. 在桌上先放置干净的厚滤纸，聚焦好的胶条面朝上放在干的厚滤纸上。将另一份厚滤纸用MiLiiQ水浸湿，挤去多余的水分，然后直接置于胶条上，轻轻吸干胶条上的矿物油及多余样品。这样可以减少凝胶染色时出现的纵条纹。
4. 将胶条转移至溶涨盘中，每个槽一根胶条，在有胶条的槽中加入5ml胶条平衡缓冲液I。将样品水化盘放在水平摇床上缓慢摇晃15分钟。
5. 配置胶条平衡缓冲液II。
6. 第一次平衡结束后，彻底倒掉或吸掉样品水化盘中的胶条平衡缓冲液I。并用滤纸吸取多余的平衡液（将胶条竖在滤纸上，以免损失蛋白或损坏凝胶表面）。再加入胶条平衡缓冲液II，继续在水平摇床上缓慢摇晃15分钟。
7. 第二次平衡结束后，彻底倒掉或吸掉样品水化盘中的胶条平衡缓冲液II。用滤纸吸取多余的平衡液（将胶条竖在滤纸上，以免损失蛋白或损坏凝胶表面）。
二、配制第二向SDS-PAGE凝胶
1. 用滤纸吸去SDS-PAGE聚丙烯酰胺凝胶上方玻璃板间多余的液体。将处理好的第二向凝胶放在桌面上，长玻璃板在下，短玻璃板朝上，凝胶的顶部对着自己。
2. 将琼脂糖封胶液进行加热溶解。
3. 将IPG胶条从样品水化盘中移出，用镊子夹住胶条的一端使胶面完全浸没在1Ｘ电泳缓冲液中。然后将胶面朝上放在凝胶长玻璃板上。其余胶条同样操作。
4. 将放有胶条的SDS-PAGE凝胶转移到灌胶架上，短玻璃板一面对着自己。在凝胶的上方加入低熔点琼脂糖封胶液。
5. 用镊子、压舌板、或是平头针，轻轻地将胶条向下推，使之与聚丙烯酰胺凝胶胶面完全接触。注意不要在胶条下方产生任何气泡。在用镊子、压舌板或平头针推胶条时，要注意是推动凝胶背面的支撑膜，不要碰到胶面。
6. 放置5分钟，使低熔点琼脂糖封胶液彻底凝固。然后将凝胶转移至电泳槽中。
7. 在电泳槽中加入电泳缓冲液后，接通电源，起始时用的低电流或低电压，待样品在完全走出IPG胶条，浓缩成一条线后，再加大电流，待溴酚蓝指示剂达到底部边缘时即可停止电泳。
三、电泳结束
1. 电泳结束后，轻轻撬开两层玻璃，取出凝胶，并切角以作记号（戴手套，放置污染胶面）。
2. 关闭电泳仪。SDS-PAGE进行染色处理。