一、开机
1. 检查管道系统，确认管道连接密闭，不漏气。
2. 在电泳槽呢加入约2.2升合适的电泳缓冲液。
3. 接通主机和冷却泵电源，开启主机开关，主机自检结束后，开启冷却泵开关。
4. 按冷却泵的“set temp”键调节需要的电泳温度，一般为14℃。按“actual temp”显示实际的温度。调节蠕动泵的速度为100。
二、电泳
1. 开机半小时后，将灌胶框放入电泳槽中，框子上的突起对准电 泳槽上的小孔；加好样的凝胶连同灌胶架的垫片一起放入框内。
2. 检查缓冲液的高度，确保缓冲液超过胶面1-2cm。
3. 盖好电泳槽盖，将冷凝泵速度调节至“50”。
4. 在主机上设置电泳程序（最简单的办法是按“auto algorithum”键，键入欲得到的线性范围的最大和最小Kb数，确认所给出的参数。最常用的参数如下：电压：6V/CM；脉冲角度120o；脉冲转化时间：Int.Sw.Time=30s，Fin.Sw.Time=90s；电泳时间：18小时；脉冲转换时间的变化系数：线性。脉冲转换时间和电泳时间因不同的样品而定，需要在实验中优化）。按“start”键，开始电泳。此时可观察到电泳槽内电极开始出现气泡。仪器显示实际的电流。
三、关机
1. 电泳结束后，“high voltage”灯灭。依次关掉冷凝系统，主机开关，然后打开电泳槽，取出凝胶，进行染色等操作。
注意
电泳开始后，“high voltage”灯亮，此时切不可打开电泳盖进行操作，以免触电。